Gelandang mencetak gol pertama Jerman selama bermain imbang 3-3 dengan Paraguay pada Rabu, namun segera diganti.
Gundogan, yang bermain 57 menit dari Dortmund hari pembukaan Bundesliga pertandingan melawan Augsburg, telah berjuang dengan cedera di pra-musim dan ini berita terbaru akan menjadi pukulan bagi pelatih Juergen Klopp.
Sebuah pernyataan klub dikonfirmasi ketidakhadiran 22-tahun itu.
"Borussia Dortmund Ilkay Gundogan gelandang diperkirakan akan keluar selama dua minggu setelah pincang off selama ramah Jerman melawan Paraguay pada Rabu malam," membacanya.
"Masalah punggung-Nya, yang merupakan hasil dari kompresi tulang belakang, telah meningkat, menurut dokter tim BVB Markus Braun."
Gundogan membuat 45 penampilan di semua kompetisi untuk Dortmund musim lalu.